我國生物燃氣產業發展條件得天獨厚，但同時也存在一些制約因素，影響產業的高端化。
生產主體基本局限在農戶
我國生物燃氣產業進步很快，但生產模式基本以農戶為主體，絕大多數都是小型的分散的農村沼氣工程。2008年，全國戶用沼氣池產氣約122億標準立方米。農村戶用沼氣池容積為6-10立方米，基本建設單元為“一池三改”，即戶用沼氣池和改圈、改廁、改廚。有的把沼氣生產與種養加結合起來，發展生態農業。以農戶為主體的沼氣生產規模小，產業關聯性差，形不成完整的產業鏈，嚴重限制了生物燃氣技術向高端發展。
我國也興建了一些大中型沼氣工程，設備制造和施工企業有一定數量。但從總體上看，生物燃氣企業數量、規模都不大，企業化的生產模式尚未成為生物燃氣產業的主體。2008年我國大中型沼氣池15625處，總池容358萬立方米，產沼氣4 .6億立方米，僅為生物燃氣總產量的3%，是德國生物燃氣產量的10%左右；沼氣發電裝機容量只有德國的1%。
用戶消費商品化程度低
農民自己建池、自己使用，自給自足的生產方式限制了市場性消費，大部分沼氣沒有商品化。農戶生產沼氣不是為了出售，而主要是為了滿足自己的需求。這種需求絕大多數是生活需求，只是把沼氣作為消費資料，管網供氣、燃氣發電或車載燃氣的供應量微乎其微。
不僅生物燃氣產業鏈不完整，也缺乏規模化、市場化的基礎設施和相關產業配套，所產燃氣和電力大部分不能通過燃氣公司或電網供應到消費者，與此相關的運行匹配問題、增容問題、安全問題等系列技術問題，尚未提上日程；生物燃氣技術標準、質量認證體系以及市場準入制度尚未建立，生物燃氣還不是標準化的商品，這使得市鎮市場或區域市場難以形成，更談不到全國統一的市場。
產業發展城鄉分割
近年來，城市垃圾“圍城”危機頻發。為了走出危機，城市里一些生物燃氣企業發展起來。主要是垃圾處理行業從政府職能中分離出來，交由企業運營，形成新的產業，其中就包括生物燃氣產業。城市里發展起來的生物燃氣產業技術水平、生產規模都要強于農戶沼氣池，但它的發展范圍局限在城市，沒有與農村沼氣生產貫通。
城鄉分割發展的局面在產業政策體系上表現突出。雖然我國各級政府出臺不少支持生物質燃氣的政策，但缺乏完整的生物質燃氣政策體系，農村、城市兩條線，研發、財政、金融、市場等政策缺少銜接和配套。
生物燃氣產業城鄉分割發展的局面，嚴重影響了產業規模和技術水平。生物質能屬于高新技術領域和新興產業，其技術研發和市場培育需要大量資金投入，僅把其作為政府投入的農業項目，社會資金很難進入，造成技術創新和產業化發展的困難。
需要實現三個戰略轉變
我國生物燃氣產業向高端化發展，需要實現生產主體從農戶向企業、消費模式從自我消費向市場消費和發展方式從城鄉分割向城鄉一體化三個戰略轉變。為此建議：
1、啟動“沼氣田”大開發工程。目標是建立國際一流的生物燃氣產業，顯著提高生物質能在我國能源結構中的比重。
國家支持建立完整的產業鏈和產業配套。重點資助熱電聯產項目、大型發電并網項目、城鄉一體化項目、車用燃氣項目、沼氣燃料電池項目、以生物燃氣為主的新能源互補發電項目等。燃氣管網企業、電網企業提供并網條件；大型項目所發電量均按國家核定的標桿上網電價全額收購。
國家資助產業鏈高端化的技術研發。圍繞產業鏈高端化的目標，大量培育創新型企業，重點解決生物轉化技術的多樣化、高效化，裝備技術的精密化、系列化以及可再生能源技術的集成化。
國家資助采取市場化的方式。以企業為單元整合項目，捆綁招標；或成立公司法人操作，逐步培育企業盈利能力，形成良性經濟循環。
2、在生物燃氣產業試行引導性的碳交易政策。國際上主要的碳交易體系，是建立在“可測量、可報告、可核查”基礎上的強制性體系。也有一些自愿性的交易市場，主要限于一些交易所和企業。在我國尚不具備 條 件 實 行 強 制 性 碳 交 易 的 情 況下，比較可行的是實行引導性的碳交易政策，即政府委托銀行或企業設立基金會，獎勵性收購碳排放信用指標；引導相關企業建立會員制的低碳聯盟，在聯盟內自愿交易碳排放權。
同時，積極與國際碳交易體系銜接。利用清潔發展機制(C D M )和國際碳交易體系，向國際組織和發達國家申請、銷售生物燃氣的碳信用指標，獲得資金和技術幫助。
3、支持企業委托培養生物質能專業研究生。目前，我國農村能源專業技術人員3 .8萬人，沼氣技工22 .7萬人，但我國生物質能研發人員嚴重缺乏，設立生物質能專業的大學和科研機構很少。2008年，我國生物質能源技術專利申請量僅為609件。應鼓勵企業委托大學和科研院所招收研究生，政府對招收研究生的大學給予資金或項目支持。
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